1949年，中华人民共和国成立，以蒋介石为首的国民政府退守台湾。
1950年，医学院附属医院更名为附设医院，医学专修科停办。7月，农学院演习林改称实验林，设管理处于南投县竹山镇。农学院与经济部中央水利实验处合办水工实验室，为学校与校外机构合作之始。12月20日，傅斯年校长逝世，由文学院沈刚伯院长代行校长职务。
1951年3月，热带医学研究所改组为公共卫生研究所，该所原有制造血清疫苗部分与中国台湾省卫生处有关单位合并，改称“台湾血清疫苗制造所”，由学校与中国台湾省政府合办。
1952年，中国台湾地区教育主管部门开始分发寄读生来校寄读。农学院成立家畜医院。
1953年，医学院高级护士职业学校改称“高级护理职业学校”。
1954年8月，学校参加大专以上学校联合招生。本年度起开始实施军训。
1955年10月，为供成年人士进修，开办夜间补习班。
1956年，医学院与中国台湾省政府合办“台北儿童心理卫生中心”，农学院与台湾糖业公司签订三年之建教合作合约。
1957年，医学院高级护理职业学校停止招生。9月，农学院“农事试验场”改组更名为“农业试验场”。
1958年9月，附设医院开始代办中央公教人员保险之疾病医疗。
1959年，增设侨生先修班。7月起，医学院与中国台湾省政府卫生处及台北市政府合办“台北公共卫生教学示范中心”。农学院与中国台湾省政府农林厅航空测量队及中国摄影测量学会合办“航空测量中心”。附设医院7月1日起代办省级公教人员保险之疾病医疗。
